Les commentaires contenus dans le présent document font l'objet d'une consultation publique du 13 avril 2023 au 31 mai 2023 inclus pour permettre aux personnes intéressées d'adresser leurs remarques éventuelles à l'administration. Ces remarques doivent être formulées par courriel adressé à bureau.b2-dlf@dgfip.finances.gouv.fr. Seules les contributions signées seront examinées. Dès la présente publication, vous pouvez vous prévaloir de ces commentaires jusqu'à leur éventuelle révision à l'issue de la consultation.

Actualité liée : 13/04/2023 : BIC - CF - SJ - Consultation publique - Création d'un crédit d'impôt en faveur de la recherche collaborative et mise à jour des commentaires relatifs aux dépenses de recherche externalisée éligibles au crédit d’impôt recherche (loi n° 2020-1721 du 29 décembre 2020 de finances pour 2021, art. 35 ; loi n° 2021-1900 du 29 décembre 2021 de finances pour 2022, art. 69 ; loi n° 2022-1726 du 30 décembre 2022 de finances pour 2023, art. 42) - Publication urgente

I. Souscription d'une déclaration spéciale

1

L'article 49 septies VE de l'annexe III au code général des impôts (CGI) prévoit que, pour l'application des dispositions de l'article 199 ter B bis du CGI, de l'article 220 B bis du CGI et de l'article 244 quater B bis du CGI, les entreprises souscrivent une déclaration spéciale conforme au modèle établi par l’administration.

Cette déclaration spéciale n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081), disponible en ligne sur www.impots.gouv.fr, permet aux entreprises de déterminer le montant du crédit d'impôt recherche (CIR) et celui du crédit d’impôt en faveur de la recherche collaborative (CICo) dont elles peuvent bénéficier.

10

Les entreprises soumises à l'impôt sur les sociétés (IS), bénéficiaires du CICo, déposent cette déclaration spéciale auprès du service des impôts des entreprises dont elles dépendent (SIE compétent territorialement ou direction des grandes entreprises) dans les mêmes délais que le relevé de solde n° 2572-SD (CERFA n° 12404), disponible en ligne sur www.impots.gouv.fr, qui permet de déterminer les créances de crédit d'impôt constatées au cours de l'exercice.

Le montant du CICo déterminé au moyen de cette déclaration spéciale doit être reporté sur la déclaration des réductions et crédits d'impôt n° 2069-RCI-SD (CERFA n° 15252), disponible en ligne sur www.impots.gouv.fr.

20

S'agissant des sociétés relevant du régime des groupes de sociétés prévu à l'article 223 A du CGI, la société mère dépose les déclarations spéciales pour le compte des sociétés du groupe ainsi que celle qui la concerne. Elle les joint au relevé de solde relatif au résultat d'ensemble du groupe.

Les sociétés membres du groupe sont dispensées d'annexer la déclaration spéciale les concernant à leur déclaration de résultat.

30

Les entreprises soumises à l’impôt sur le revenu (IR) déposent la déclaration spéciale dans les mêmes délais que la déclaration annuelle de résultat qu'elles sont tenues de souscrire en application de l'article 53 A du CGI.

Le montant du CICo déterminé au moyen de cette déclaration spéciale doit être reporté sur la déclaration :

• des réductions et crédits d'impôt n° 2069-RCI-SD ;
• complémentaire de revenus n° 2042-C-PRO (CERFA n° 11222), disponible en ligne sur www.impots.gouv.fr.

40

En revanche, les sociétés de personnes qui ont engagé des dépenses ouvrant droit au CICo ne peuvent utiliser directement ce crédit d'impôt lorsqu'elles n'ont pas opté pour leur assujettissement à l’IS.

Conformément au dernier alinéa du I de l'article 49 septies VE de l’annexe III au CGI, l'associé d'une société mentionnée à l'article 8 du CGI ou à l’article 238 bis L du CGI, ou d'un groupement mentionné à l’article 239 quater du CGI, à l’article 239 quater B du CGI, à l’article 239 quater C du CGI ou à l’article 239 quater D du CGI non soumis à l'IS, dépose une déclaration spéciale indiquant la quote-part des crédits d'impôt provenant de chacune des sociétés de personnes ou groupements assimilés dont il est associé.

Toutefois, lorsque l'associé est une personne physique, il est dispensé de déposer la déclaration spéciale lorsqu'il ne dispose pas d'un CICo autre que celui issu de sa participation dans la société de personnes ou le groupement.

Ainsi, deux situations sont à distinguer selon que l'associé bénéficie ou non par ailleurs d'un CICo propre, étant rappelé que s'agissant des associés personnes physiques, seuls ceux qui participent à l'exploitation au sens du I de l’article 151 nonies du CGI peuvent utiliser la fraction de CICo correspondant à leurs droits sociaux :

• l'associé (personne morale ou personne physique participant à l'exploitation) bénéficie d'un CICo au titre de dépenses supportées directement par lui ou de quotes-parts de ce CICo dégagé par d'autres sociétés de personnes dans lesquelles il est associé. Dans ce cas, l'associé doit porter, sur une ligne de sa déclaration n° 2069-A-SD prévue à cet effet, sa quote-part de CICo dégagée au titre de chacune de ses participations dans des sociétés de personnes ;
• l'associé ne bénéficie par ailleurs d'aucun CICo (en propre ou issu de sa participation dans d'autres sociétés de personnes). Dans ce cas, l'associé n’est pas tenu au dépôt d’une déclaration n° 2069-A-SD. Il porte le montant de la quote-part de CICo calculée au niveau de la société de personnes dont il est associé sur le relevé de solde n° 2572-SD et sur la déclaration des réductions et crédits d'impôt n° 2069-RCI-SD (associés personnes morales soumis à l'IS) ou sur la déclaration de revenus n° 2042-C-PRO et la déclaration des réductions et crédits d'impôt n° 2069-RCI-SD (associés personnes physiques soumis à l'IR).

50

Par ailleurs, les entreprises sont tenues de joindre à la déclaration n° 2069-A-SD la liste des organismes de recherche et de diffusion des connaissances (ORDC) définis au II-A § 80 à 170 du BOI-BIC-RICI-10-15-10 avec lesquels elles ont conclu des contrats de collaboration, établie à partir du formulaire n° 2069-A-3-SD (CERFA n° 11081), disponible en ligne sur www.impots.gouv.fr.

60

Les formulaires relatifs au CICo sont intégrés dans la procédure dématérialisée TDFC (procédure EDI), utilisée par les entreprises pour les déclarations de résultats et d'autres crédits d'impôt. Cette procédure permet d'ajouter la déclaration n° 2069-A-SD et ses annexes à la liasse fiscale.

Les services relevant du ministère chargé de la recherche ont accès aux informations portées sur les formulaires afférents au CICo, les données leur étant automatiquement transmises.

II. Contrôle du crédit d’impôt

A. Exercice du droit de contrôle

70

Par application combinée des dispositions de l’article L. 45 B du livre des procédures fiscales (LPF) et de l’article 49 septies VF de l'annexe III au CGI, la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du CICo peut être vérifiée par les agents du ministère chargé de la recherche dans les conditions prévues à l’article R. 45 B-1 du LPF.

Remarque : Le contrôle porte sur l’affectation à la recherche des dépenses déclarées par les entreprises pour l’obtention du CICo. Il incombe donc aux entreprises d’apporter la preuve de la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses facturées par les ORDC avec lesquels elles ont conclu un contrat de collaboration.

80

Dans le cadre de cette procédure, l'agent chargé du contrôle, qui est soit un agent dûment mandaté par le directeur général pour la recherche et l'innovation, soit un délégué régional académique à la recherche et à l'innovation ou un agent dûment mandaté par ce dernier, envoie à l'entreprise contrôlée une demande d'éléments justificatifs.

L'entreprise répond à sa demande dans un délai de trente jours, éventuellement prorogé de la même durée. L'entreprise joint à sa réponse les documents nécessaires à l'expertise de l'éligibilité des dépenses dont la liste est précisée dans la demande d'éléments justificatifs, notamment :

• la déclaration spéciale, si elle n'avait pas été précédemment adressée au ministère chargé de la recherche pour chacune des années faisant l'objet du contrôle ;
• le contrat de collaboration signé entre les parties. Son annexe technique présente notamment le projet de recherche, l’objectif commun et la répartition des travaux. Son annexe financière expose le détail des coûts, notamment le détail de ceux facturés à l’entreprise ;
• les documents scientifiques et techniques nécessaires à l'appréciation de l'éligibilité des opérations de recherche réalisées par les organismes de recherche ;
• les justificatifs relatifs aux personnes affectées aux projets de recherche déclarés (qualification, temps passé) ;
• les documents fiscaux et comptables relatifs aux dépenses déclarées.

L’agent chargé du contrôle peut envoyer à l’entreprise contrôlée une demande d’informations complémentaires à laquelle celle-ci doit répondre dans un délai de trente jours. Si les éléments fournis par l'entreprise en réponse à cette première demande ne permettent pas de mener l'expertise à bien, l'agent chargé du contrôle peut envoyer à l'entreprise contrôlée une seconde demande d'informations à laquelle celle-ci doit répondre dans un délai de trente jours. Dans ce délai, l'entreprise a la faculté de demander un entretien afin de clarifier les conditions d'éligibilité des dépenses.

90

L'agent chargé du contrôle peut se rendre sur place après l'envoi d'un avis de visite pour, notamment :

• consulter les documents comptables prévus par les dispositions codifiées de l'article L. 123-12 du code de commerce (C. com.) à l'article L. 123-28 du C. com. ainsi que tous les documents annexes ou justificatifs, en vue de s'assurer de la réalité des dépenses affectées à la recherche ;
• effectuer toutes constatations matérielles, procéder à des vérifications techniques, en vue de s'assurer de la réalité de l'activité de recherche à laquelle les dépenses ont été affectées.

100

L'avis émis par l’agent chargé du contrôle prévu à l’article R. 45 B-1 du LPF sur la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d’impôt est notifié à l'entreprise. Il est motivé lorsque la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d’impôt est contestée.

L'avis et, le cas échéant, les copies de documents ou autres éléments motivant cet avis sont communiqués aux services de la direction générale des finances publiques.

Lorsque l'entreprise n'a pas répondu aux demandes d'informations qui lui ont été adressées, lorsqu'elle a refusé de communiquer les pièces justificatives demandées ou lorsqu'elle n'a pas produit ces éléments en cas de visite sur place, les agents chargés du contrôle constatent que l'affectation des dépenses à la recherche n'est pas justifiée.

110

L'intervention des agents du ministère chargé de la recherche peut résulter soit d'une initiative de ce ministère, soit d'une demande de l'administration fiscale lorsque l'appréciation du caractère scientifique ou technique des opérations prévues au contrat de collaboration apparaît nécessaire dans le cadre d'un contrôle ou d'un contentieux fiscal.

Dans tous les cas, l'administration fiscale demeure seule compétente pour l'application des procédures de rectification au crédit d'impôt mentionné à l'article 244 quater B bis du CGI, dans le cadre de l'exercice de son droit de contrôle (LPF, art. L. 10 et suivants).

À l’issue de son contrôle, l’administration fiscale adresse à l'entreprise concernée une proposition de rectification motivée, dans laquelle doivent figurer, en clair, lorsque le contrôle défini à l’article L. 45 B du LPF et à l’article R. 45 B-1 du LPF a été mis en œuvre, les éléments communiqués par le ministère chargé de la recherche dans son avis. Un simple renvoi à cet avis dans la proposition de rectification ne peut être regardé comme une motivation suffisante.

120

À la suite de la réception de la proposition de rectification, le contribuable peut formuler ses observations dans les conditions exposées au II § 190 à 270 du BOI-CF-IOR-10-50-10, au BOI-CF-IOR-10-50-20 et au BOI-CF-IOR-10-50-30.

Le contribuable dispose alors d’un délai de trente jours à compter de la réception de la réponse de l’administration à ses observations n° 3926-SD pour demander, sous peine d’irrecevabilité, la saisine du comité consultatif des crédits d'impôt pour dépenses de recherche prévu à l’article 1653 F du CGI.

Le comité doit être saisi, en application de l’article L. 59 D du LPF, lorsque le désaccord persistant entre le contribuable et l’administration concerne des rehaussements notifiés suivant la procédure de rectification contradictoire et portant sur la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination des crédits d’impôt prévus à l'article 244 quater B du CGI et à l'article 244 quater B bis du CGI (BOI-CF-CMSS-60).

130

S'agissant du contrôle sur demande en matière de CICo, prévu à l’article L. 13 C du LPF et à l’article  L. 13 CA du LPF, il convient de se reporter au II § 320 à 650 du BOI-CF-PGR-40-10.

B. Prescription

140

Conformément aux dispositions de l’article L. 172 G du LPF, pour le calcul du crédit d’impôt, le droit de reprise s’exerce jusqu’à la fin de la troisième année suivant celle du dépôt de la déclaration spéciale prévue à l’article 49 septies VE de l'annexe III au CGI.

Le dépôt de l’imprimé n° 2069-A-SD constitue donc le point de départ du délai de prescription du CICo.

Pour le calcul du délai de reprise applicable au CICo, il n’y a donc pas lieu de tenir compte de l’année d’imputation ou de restitution du crédit d’impôt.

Exemple : Pour un CICo calculé au titre de N, la déclaration spéciale n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081) est déposée en N+1. Le droit de reprise de l'administration fiscale s'exerce jusqu'au 31 décembre N+4.

150

La proposition de rectification adressée par l'administration fiscale a pour effet d'interrompre cette prescription dans la limite des rehaussements mentionnés et de faire courir un nouveau délai de reprise. Tel n'est pas le cas de la lettre informant l'entreprise des conclusions du contrôle, adressée par le ministère chargé de la recherche, qui n'a pas valeur de proposition de rectification.