I. Souscription d'une déclaration spéciale conforme à un modèle établi par l'administration

A. Principes généraux

1

L'article 49 septies M de l'annexe III au code général des impôts (CGI) prévoit que, pour l'application des dispositions de l'article 199 ter B du CGI, de l'article 220 B du CGI et de l'article 244 quater B du CGI, les entreprises souscrivent une déclaration spéciale n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081). Cette déclaration spéciale, disponible en ligne sur le site www.impots.gouv.fr, permet de déterminer le montant du crédit d'impôt recherche (CIR) dont peut bénéficier l'entreprise.

5

Les entreprises ont le choix entre la procédure déclarative papier qui implique de déposer un exemplaire auprès de la direction générale des Finances publiques (DGFiP) et du Ministère de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation (MESRI) et la procédure dématérialisée, plus pratique, puisqu’il n’est plus nécessaire d’adresser une copie au MESRI, les données lui étant directement transmises.

10

Les personnes morales passibles de l'impôt sur les sociétés déposent cette déclaration spéciale auprès du service des impôts des entreprises dont elles dépendent (SIE compétent territorialement ou Direction des Grandes Entreprises) dans les mêmes délais que le relevé de solde n° 2572-SD (CERFA n° 12404), qui permet de déterminer les créances de crédit d'impôt constatées au cours de l'exercice.

Le montant du CIR déterminé au moyen de cette déclaration spéciale doit être reporté sur la déclaration des réductions et crédits d'impôt n° 2069-RCI-SD (CERFA n° 15252) .

S'agissant des sociétés relevant du régime des groupes de sociétés prévu à l'article 223 A du CGI, la société mère dépose les déclarations spéciales pour le compte des sociétés du groupe. Elle les joint, y compris celle la concernant, au relevé de solde relatif au résultat d'ensemble du groupe.

Les sociétés membres du groupe sont dispensées d'annexer la déclaration spéciale les concernant à leur déclaration de résultats.

20

Les autres entreprises déposent la déclaration spéciale dans les mêmes délais que la déclaration annuelle de résultat qu'elles sont tenues de souscrire en application de l'article 53 A du CGI.

Le montant du CIR déterminé au moyen de cette déclaration spéciale doit être reporté :

- sur la déclaration des réductions et crédits d'impôt n° 2069-RCI-SD (CERFA n° 15252) ;

- sur la déclaration complémentaire de revenus n° 2042-C-PRO (CERFA n° 11222) dans la case prévue à cet effet.

En revanche, les sociétés de personnes qui ont engagé des dépenses ouvrant droit au crédit d'impôt prévu à l'article 244 quater B du CGI ne peuvent utiliser directement ce crédit d'impôt lorsqu'elles n'ont pas opté pour leur assujettissement à l'impôt sur les sociétés.

Conformément au cinquième alinéa de l'article 49 septies M de l’annexe III au CGI, l'associé d'une société de personnes ou d'un groupement mentionnés à l'article 8 du CGI, à l'article 238 bis L du CGI, à l'article 239 quater du CGI, à l'article 239 quater B du CGI et à l'article 239 quater C du CGI, non soumis à l'impôt sur les sociétés, dépose une déclaration spéciale indiquant la quote-part des crédits d'impôt provenant de chacune des sociétés de personnes ou groupements assimilés dont il est associé. Toutefois, lorsque l'associé est une personne physique, il est dispensé de déposer la déclaration spéciale lorsqu'il ne dispose pas d'un crédit d'impôt mentionné à l'article 244 quater B du CGI autre que celui issu de sa participation dans la société de personnes ou le groupement.

Ainsi, deux situations sont à distinguer selon que l'associé bénéficie ou non par ailleurs d'un CIR propre, étant rappelé que s'agissant des associés personnes physiques seuls ceux qui participent à l'exploitation au sens du I de l’article 151 nonies du CGI peuvent utiliser la fraction de crédit d'impôt correspondant à leurs droits sociaux :  

 - l'associé (personne morale ou personne physique participant à l'exploitation) bénéficie d'un CIR au titre de dépenses effectuées directement par lui ou de quotes-parts de ce crédit d'impôt dégagé par d'autres sociétés de personnes dans lesquelles il est associé. Dans ce cas, l'associé doit porter, sur une ligne de sa déclaration n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081) prévue à cet effet, sa quote-part de crédit d'impôt dégagée au titre de chacune de ses participations dans des sociétés de personnes ;

- l'associé ne bénéficie par ailleurs d'aucun CIR (propre ou issu de sa participation dans d'autres sociétés de personnes). Dans ce cas, l'associé n’est pas tenu au dépôt d’une déclaration n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081). Il porte le montant de la quote-part de CIR calculée au niveau de la société de personnes dont il est associé sur le relevé de solde n° 2572-SD (CERFA n° 12404) et la déclaration des réductions et crédits d'impôt n° 2069-RCI-SD (CERFA n° 15252) (associés personnes morales soumises à l'impôt sur les sociétés) ou sur la déclaration de de revenus n° 2042-C-PRO (CERFA n° 11222) et la déclaration des réductions et crédits d'impôt n° 2069-RCI-SD (CERFA n° 15252) (associés personnes physiques soumises à l'impôt sur le revenu).

Les imprimés n° 2069-RCI-SD (CERFA n° 15252), n° 2042-C-PRO (CERFA n° 11222), n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081) et n° 2572-SD (CERFA n° 12404) sont disponibles en ligne sur le site www.impots.gouv.fr.

25

L’administration fiscale s’est engagée dans un processus de dématérialisation progressive des déclarations de crédit d’impôt. Pour cela, les formulaires CIR sont intégrés dans la procédure dématérialisée TDFC (procédure EDI), utilisée actuellement par les entreprises pour les déclarations de résultats et d'autres crédits d'impôt. Cette procédure permet d'ajouter la déclaration n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081), et ses annexes à la liasse fiscale.

30

En cas de procédure déclarative en version papier, une copie de la déclaration spéciale n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081), disponible en ligne sur le site www.impots.gouv.fr, est adressée, dans le même délai que celui qui est prévu pour le dépôt du relevé de solde ou de la déclaration de résultat, aux services relevant du Ministère de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation, DGRI - DEP C1 - Déclarations CIR.

Pour les entreprises qui utilisent la télédéclaration, il n'est plus nécessaire d’adresser une copie au MESRI, les données lui étant directement transmises.

40

L'attestation délivrée par l'établissement de crédit-bail visée au II-B-3 § 90 du BIC-RICI-10-10-20-10 doit être jointe à la déclaration n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081), souscrite par l'entreprise locataire.

Par ailleurs, lorsqu'une entreprise confie la réalisation d'opérations de recherche à un ou plusieurs organismes mentionnés au d ou au d bis du II de l'article 244 quater B du CGI, elle doit joindre à la déclaration n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081) la liste de ces organismes en indiquant la nature et le montant de ces contrats, établie à partir du formulaire n° 2069-A-2-SD (CERFA n° 11081).

Enfin, peuvent être annexés les documents suivants :

- pour les dépenses liées à la normalisation : un état récapitulatif de la nature et du montant des dépenses ;

- pour les dépenses de collection : un état détaillé de la nature et du montant des dépenses.

B. Cas particuliers

1. Pièces justificatives à produire par les entreprises créées depuis moins de deux ans

50

Aux termes du dernier alinéa du II de l’article 199 ter B du CGI, les entreprises créées depuis moins de deux ans qui sollicitent le remboursement immédiat de la créance de CIR doivent désormais présenter à l’appui de leur demande les pièces justificatives attestant de la réalité des dépenses de recherche.

a. Entreprises concernées

60

Les entreprises concernées par cette nouvelle mesure sont les entreprises créées depuis moins de deux ans à la date d’introduction de la demande de remboursement immédiat de leur créance de CIR et qui peuvent bénéficier de cette prérogative : entreprises nouvelles, jeune entreprise innovante (JEI), entreprises faisant l'objet d'une procédure collective, PME au sens du droit communautaire.

Pour apprécier si l'entreprise est soumise à cette obligation, il convient de prendre en compte la date de début d'activité figurant sur la déclaration d'existence souscrite par cette dernière auprès du centre de formalité des entreprises, en application de l'article 286 du CGI.

b. Pièces à produire

70

Les entreprises créées depuis moins de deux ans doivent désormais présenter spontanément à l’appui de leur demande de remboursement immédiat de créances de CIR des pièces permettant d'établir la réalité de l’activité de recherche qu’elles exercent.

Elles peuvent ainsi joindre à leur demande de remboursement de créance de CIR, des documents tels que contrats, factures, déclaration DADS-U ou DSN et feuilles de paie délivrées aux chercheurs et techniciens ou tout autre moyen de preuve.

Il n'est, toutefois, pas exigé que l'entreprise produise l'ensemble des justificatifs relatifs aux différentes catégories de dépenses éligibles au crédit d'impôt.

En revanche, les demandes de restitution de crédit d’impôt ayant le caractère de réclamation « contentieuse », l’administration des Finances publiques est fondée à demander toutes pièces justificatives complémentaires aux entreprises avant remboursement des créances de CIR.

2. Obligation déclarative complémentaire pour les entreprises qui engagent plus de 100 millions d’euros de dépenses de recherche

80

Les entreprises qui engagent plus de 100 millions d'euros de dépenses de recherche mentionnées au II de l'article 244 quater B du CGI sont tenues de produire un état décrivant leurs travaux de recherche en cours et pour lesquels elles bénéficient du CIR. Ces mêmes entreprises doivent également renseigner la part de titulaires d'un doctorat financés par ces mêmes dépenses.

Les manquements à ces obligations sont sanctionnés par une amende fiscale.

a. Obligation de produire un état des travaux de recherche en cours et d'indiquer la part de titulaires d'un doctorat pour les entreprises qui engagent plus de 100 millions d’euros de dépenses de recherche

90

Les entreprises dont le montant des dépenses de recherche exposées et éligibles au crédit d’impôt au sens du II de l'article 244 quater B du CGI est supérieur à 100 millions d'euros doivent transmettre à l'administration des Finances publiques des informations précises sur leurs travaux de recherche en cours et pour lesquels elles bénéficient du CIR. Ces mêmes entreprises doivent également indiquer la part de titulaires d'un doctorat financés par ces dépenses.

Le seuil de 100 millions d’euros de dépenses de recherche éligibles est déterminé avant les déductions à opérer de l’assiette de calcul du crédit d’impôt en application du III de l’article 244 quater B du CGI (notamment subventions publiques éventuellement reçues par l’entreprise ou dépenses exposées auprès de tiers au titre de prestations de conseil pour l’octroi du bénéfice du crédit d’impôt).

Celles-ci doivent ainsi produire un état n° 2069-A-1-SD (CERFA n° 11081), annexé à la déclaration spéciale n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081), disponibles en ligne sur le site www.impots.gouv.fr, souscrite au titre des opérations de recherche réalisées au titre de l'année précédente, décrivant la nature de leurs travaux de recherche en cours et pour lesquels elles bénéficient du CIR, l’état d’avancement de leurs programmes, les moyens humains et matériels mis en œuvre, directs ou indirects, et leur localisation. Elles doivent également indiquer la part de titulaires d'un doctorat financés par ces dépenses ou recrutés sur leur base, le nombre d'équivalents temps plein correspondants et leur rémunération moyenne.

Ainsi, lors du dépôt de la déclaration n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081) souscrite en N au titre des dépenses de recherche réalisées en N-1, les entreprises qui ont exposé en N-1 des dépenses éligibles pour un montant supérieur à 100 millions d’euros doivent annexer un état relatif à leurs travaux de recherche en cours en N et pour lesquels elles ont demandé le bénéfice du CIR au titre de l’année N-1. Elles doivent aussi indiquer la part des titulaires d'un doctorat financés par ces dépenses réalisées en N-1 ou recrutés sur leur base.

L’établissement d’une annexe n° 2069-A-1-SD (CERFA n° 11081) à la déclaration n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081) est prévu afin de permettre aux entreprises de procéder aux descriptions requises.

b. Sanction en cas de manquement

100

L'absence de dépôt de l’état mentionné au I-B-2-a § 90 dans le délai prévu pour le dépôt de l'annexe n° 2069-A-1-SD (CERFA n° 11081) à la déclaration spéciale n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081), disponibles en ligne sur le site www.impots.gouv.fr, est sanctionné par une amende fiscale tel que prévu au deuxième alinéa du 1 de l'article 1729 B du CGI.

110

Par ailleurs, les omissions ou inexactitudes constatées entraînent une amende dans les conditions fixées au 2 de l'article 1729 B du CGI.

120

Toutefois, l’amende n’est pas applicable, en cas de première infraction commise au cours de l’année civile en cours et des trois années précédentes, lorsque l’intéressé a réparé l’infraction, soit spontanément, soit dans les trente jours suivant une demande de l’administration, selon le 3 de l'article 1729 B du CGI.

(130)

II. Contrôle du crédit d'impôt recherche

A. Exercice du droit de contrôle

140

Conformément à l’article L. 45 B du livre des procédures fiscales (LPF), la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d'impôt mentionné à l'article 244 quater B du CGI peut être vérifiée par les agents du ministère chargé de la recherche et de la technologie.

Ce contrôle s’exerce dans les conditions prévues à l’article R. 45 B-1 du LPF.

Dans le cadre de cette procédure, l'agent chargé du contrôle, qui est soit un agent dûment mandaté par le directeur général pour la recherche et l'innovation, soit un délégué régional à la recherche et à la technologie ou un agent dûment mandaté par ce dernier, envoie à l'entreprise contrôlée une demande d'éléments justificatifs.

L'entreprise répond dans un délai de trente jours, éventuellement prorogé de la même durée à sa demande. L'entreprise joint à sa réponse les documents nécessaires à l'expertise de l'éligibilité des dépenses dont la liste est précisée dans la demande d'éléments justificatifs, notamment :

- la déclaration spéciale, si elle n'avait pas été précédemment adressée au ministère chargé de la recherche pour chacune des années faisant l'objet du contrôle ;

- les documents scientifiques et techniques nécessaires à l'appréciation de l'éligibilité des opérations de recherche réalisées en interne ou confiées à un prestataire ;

- les justificatifs relatifs aux personnes affectées aux projets de recherche déclarés (qualification, temps passé) ;

- les documents fiscaux et comptables relatifs aux dépenses déclarées.

L’agent chargé du contrôle peut envoyer à l’entreprise contrôlée une demande d’informations complémentaires à laquelle celle-ci doit répondre dans un délai de trentes jours.

Si les éléments fournis par l'entreprise en réponse à une première demande ne permettent pas de mener l'expertise à bien, l'agent chargé du contrôle peut envoyer à l'entreprise contrôlée une seconde demande d'informations à laquelle celle-ci doit répondre dans un délai de trente jours. Dans ce délai, l'entreprise a la faculté de demander un entretien afin de clarifier les conditions d'éligibilité des dépenses.

L'agent chargé du contrôle peut se rendre sur place après l'envoi d'un avis de visite pour, notamment :

a) consulter les documents comptables prévus par les dispositions codifiées de l'article L. 123-12 du code de commerce (C. com.) à l'article L. 123-28 du C. com. ainsi que tous les documents annexes ou justificatifs, en vue de s'assurer de la réalité des dépenses affectées à la recherche ;

b) effectuer toute constatation matérielle, procéder à des vérifications techniques, en vue de s'assurer de la réalité de l'activité de recherche à laquelle les dépenses ont été affectées.

150

L'avis émis par l’agent chargé du contrôle prévu à l’article R. 45 B-1 du LPF sur la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d'impôt mentionné à l'article 244 quater B du CGI est notifié à l'entreprise et communiqué à la direction générale des Finances publiques. Il est motivé lorsque la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d’impôt est contestée.

Lorsque l'entreprise n'a pas répondu aux demandes d'informations qui lui ont été adressées, lorsqu'elle a refusé de communiquer les pièces justificatives demandées ou lorsqu'elle n'a pas produit ces éléments en cas de visite sur place, les agents chargés du contrôle constatent que l'affectation des dépenses à la recherche n'est pas justifiée.

160

L'intervention des agents du ministère chargé de la recherche peut résulter soit d'une initiative de ce ministère, soit d'une demande de l'administration fiscale lorsque l'appréciation du caractère scientifique des travaux apparaît nécessaire dans le cadre d'un contrôle ou d'un contentieux fiscal.

Dans tous les cas, l'administration fiscale demeure seule compétente pour l'application des procédures de rectification au crédit d'impôt mentionné à l'article 244 quater B du CGI, dans le cadre de l'exercice de son droit de contrôle (LPF, art. L. 10 et suiv.).

A cet effet, elle adresse à l'entreprise concernée une proposition de rectification motivée.

Lorsque le ministère de la recherche aura effectué le contrôle prévu à l’article R. 45 B-1 du LPF, le simple renvoi à la notification des résultats de cette vérification ne pourra être regardé comme une motivation suffisante des redressements notifiés par l'administration fiscale. Les éléments communiqués par ledit ministère doivent donc figurer en clair dans le corps de la proposition de rectification.

A la suite de la réception de la proposition de rectification, le contribuable peut formuler ses observations dans les conditions détaillées au II § 190 et suivants du BOI-CF-IOR-10-50.

Le contribuable dispose alors d’un délai de trente jours à compter de la réception de la réponse de l’administration à ses observations n° 3926-SD pour demander, sous peine d’irrecevabilité, la saisine du comité consultatif du crédit d'impôt pour dépenses de recherche.

Le désaccord est soumis à l'avis du comité lorsqu'il résulte de rectifications notifiées dans le cadre de la procédure de rectification contradictoire et qu'il porte sur la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d’impôt recherche (BOI-CF-CMSS-60-10 et BOI-CF-CMSS-60-20).

S'agissant du contrôle sur demande en matière de crédit impôt recherche, il convient de se reporter au BOI-CF-PGR-40-10.

B. Prescription

1. Crédits d’impôt recherche calculés au titre des dépenses engagées avant le 1^er janvier 2008

170

Pour les crédits d’impôt recherche calculés au titre des dépenses exposées avant le 1^er janvier 2008, le délai de reprise de l'administration fiscale s'exerce, conformément aux dispositions de l'article L. 169 du LPF, jusqu'au terme de la troisième année suivant celle au titre de laquelle le crédit d'impôt a été imputé ou restitué.

Exemple : Pour un crédit d'impôt calculé au titre de 2006, et imputé sur l'impôt sur les sociétés dû au titre de 2009, le droit de reprise de l'administration fiscale pourra s'exercer jusqu'au 31 décembre 2012.

2. Crédits d’impôt recherche calculés au titre des dépenses engagées à compter du 1^er janvier 2008

180

Le VI de l’article 69 de la loi n° 2007-1822 du 24 décembre 2007 de finances pour 2008 a modifié le délai de prescription applicable aux crédits d’impôt recherche calculés au titre des dépenses exposées depuis le 1^er janvier 2008.

Pour ces derniers, conformément aux dispositions de l’article L. 172 G du LPF, le délai de reprise s’exerce jusqu’au terme de la troisième année suivant celle du dépôt de la déclaration spéciale prévue pour le calcul de ce crédit d’impôt.

Le dépôt de l’imprimé n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081), disponible en ligne sur le site www.impots.gouv.fr, constitue donc le point de départ du délai de prescription du crédit d’impôt recherche.

Pour le calcul du délai de reprise applicable aux crédits d’impôt recherche calculés au titre des dépenses de recherche engagées à compter de l’année 2008, il n’y a donc pas lieu de tenir compte de l’année d’imputation ou de restitution du crédit d’impôt.

Exemple : Pour un crédit d'impôt recherche calculé au titre de N, la déclaration spéciale n° 2069-A-SD (CERFA n° 11081) a été déposé en N+1. Le délai de reprise de l'administration fiscale pourra s'exercer jusqu'au 31 décembre N+4.

190

La proposition de rectification adressée par l'administration fiscale a pour effet d'interrompre cette prescription dans la limite des redressements mentionnés, et de faire courir un nouveau délai de prescription. Tel n'est pas le cas de la lettre informant l'entreprise des conclusions du contrôle adressée par le ministère de la recherche, qui n'a pas valeur de proposition de rectification.